Aunque la construcción del edificio "Casa COLMES" data del año 2004, el espacio donde está ubicada formó parte del barrio indígena "Escamela", por la colindancia con el cerro del mismo nombre o "de las hormigas" (en nahuatl), y que muestra la amplia diversidad biológica en esta zona. Para la Época Virreinal, esta región formó parte del Marquesado del Conde de la Colina, cumpliendo funciones de tránsito e interculturalidad durante la Colonia y el siglo XIX, comunicando a la comunidad nahua de Santa Ana Atzacan con la comunidad mestiza de Orizaba. Su cercanía con el balneario "Ojo de Agua" integra a la zona numerosos elementos de cultura mística asociada a la presencia de sirenas, chaneques y leyendas asociadas por algunas cuevas prehispánicas encontradas cerca, en el cerro, donde aun se pueden hallar restos arqueológicos y sensaciones históricas.

El edificio "Casa COLMES" durante los años 2010 y 2014 fue sede del Grupo de Estudios sobre Salud, Cultura y Población, y posteriormente fue sede del Laboratorio de Ciencias del Centro de Ciencia y Desarrollo de la Complejidad Humana (CCIDECH). Ha sido centro de reunión y hospedaje de investigadores originarios de Colombia, Perú, Ecuador, Brasil, Paraguay, Chile, Venezuela, y espacio de encuentro en movimientos sociales de migrantes, ambientalistas, de salud y de desaparecidos.